Вторая игра серии, приквел к оригинальной игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». Игрок принимает роль Шрама — наёмного сталкера. Во время сопровождения учёных в Зоне его настигает выброс. Но Шрама спасает группировка «Чистое Небо», занимающаяся исследованием и изучением природы Зоны. В процессе игры игроку предстоит выбирать разные стороны противостояния в Зоне, чтобы помочь «Чистому Небу» достигнуть их целей.